تتكون ثنية قنا من طية محدبة تمتد من الشمال الشرقي إلى الجنوب الغربي، وتمثل هضبة طيبة الكلسية طرفها الغربي، وتمثل جبال السراى والجير طرفها الشرقي. وقد أدى وجود هذه الطية إلى دوران النهر حولها من ناحية الشرق حتى وجد لنفسه منفذا في القسم الشرقي من هضبة طيبة، فانحرف مساره ناحية الغرب مكوناً ثنية قنا المشهورة.
ويعود تشكل هذه الطية إلى الحركات التكتونية التي حدثت في المنطقة خلال العصر الأيوسين، حيث تحركت كتل من الصخور إلى أعلى، مما أدى إلى تكوين ثنيات وصدوع في المنطقة. وقد ساهمت هذه الحركات في تغير مسار نهر النيل، حيث كان يسير في اتجاه الشمال الشرقي قبل أن يتغير مساره إلى الغرب.
وتعد ثنية قنا من أهم المعالم الجغرافية في مصر، حيث تقع في منطقة ذات أهمية اقتصادية كبيرة، حيث توجد فيها العديد من المشروعات الزراعية والعمرانية المهمة.
ويمكن تلخيص خطوات تشكل ثنية قنا على النحو التالي:
- حدوث حركات تكتونية في المنطقة خلال العصر الأيوسين.
- تحرك كتل من الصخور إلى أعلى، مما أدى إلى تكوين طية محدبة.
- انحدار مسار نهر النيل حول الطية من ناحية الشرق.
- إيجاد النهر منفذاً له في القسم الشرقي من هضبة طيبة.
- انحراف مسار النهر ناحية الغرب مكوناً ثنية قنا المشهورة.